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La Corte de Apelaciones acogió el recurso de apelación impetrado por la contribuyente en contra de la sentencia dictada por el Tribunal Tributario y Aduanero de la Región de Valparaíso que había rechazado el reclamo presentado en contra de una Resolución emitida por la V Dirección Regional Valparaíso que modificó los saldos iniciales y finales del FUT para el Año Tributario 2017. La reclamante arguyó en su apelación que, no obstante el carácter supletorio de la Ley N° 19.880, el Código Tributario no contemplaba disposición alguna que se refiriera a la Nulidad de Derecho Público alegada por su parte, por lo que sus normas resultaban plenamente aplicables en la especie. Agregó que así, existiendo una declaración rectificatoria que produjo sus efectos, el Servicio debió, para poder evitar dichos efectos, haber aplicado el proceso de invalidación de la citada ley, lo que no hizo. Además, la contribuyente cuestionó que, contrariamente a lo sostenido por el Sentenciador, fuera efectivo que los dos procesos de fiscalización llevados a cabo hubiesen revisado hechos distintos, por lo cual no se cumplían los requisitos de caducidad del artículo 59 del Código Tributario. La Magistratura arguyó que para resolver debía tenerse presente que la reclamante era una contribuyente de Primera Categoría que debía declarar su renta efectiva en base a contabilidad completa; que con fecha 8 de mayo de 2017 presentó su declaración de Impuesto a la Renta del Año Tributario 2017, la que fue rectificada con fecha 25 de junio de 2018; y que el Servicio de Impuestos Internos, con fecha 28 de agosto de 2020, emitió Resolución que modificó los saldos iniciales y finales de utilidades del Registro de FUT y sus créditos asociados.

La Corte señaló que la controversia se centraba en determinar si la Resolución reclamada adolecía de nulidad y si el proceso de fiscalización que culminó con ella había infringido el artículo 59 del Código Tributario. ​ ​ A continuación, los Sentenciadores arguyeron que el Tribunal a quo había errado al sostener que la Ley N° 19.880 no era aplicable en la especie, toda vez que analizadas las normas de los artículos 36 bis y 63 del Código Tributario, no se observaba que ellas hicieran referencia a la nulidad de las Resoluciones del Servicio ni al procedimiento que debía llevarse a cabo a fin de declararla. ​ ​ La Magistratura agregó que el Título IV del Código Tributario que trataba sobre los medios de fiscalización, donde se encontraba el citado artículo 63, no contenía en ninguna de sus normas disposiciones relativas a la nulidad de los Actos del Órgano Fiscalizador, lo que habilitaba la aplicación de las normas contenidas en el referida Ley N° 19.880.

La Corte sostuvo que asentado lo anterior, era posible concluir que para resolver acerca de la nulidad, resultaba plenamente aplicable la norma del artículo 53 de la citada ley, según la cual la Autoridad Administrativa podrá, de oficio o a petición de parte, previa audiencia del interesado, invalidar los Actos contrarios a derecho, siempre que lo haga dentro de los dos años contados desde la notificación o publicación del Acto. Agregó que esta invalidación podrá ser total o parcial, y el acto invalidatorio podrá impugnarse ante los Tribunales de Justicia en un procedimiento breve y sumario. ​

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El Tribunal de Alzada arguyó luego que la Declaración Recitificatoria constituía un Acto Administrativo terminal de aquellos referidos en el artículo 59 del Código Tributario, que desde su fecha produjo efectos en el patrimonio de la reclamante y de sus socios y que la Resolución reclamada efectivamente era invalidatoria de la primera, en cuanto modificó o alteró sus efectos. La Magistratura agregó que, en ese contexto, el Órgano Fiscalizador debió ajustarse al mencionado artículo 53, lo que no ocurrió, en tanto no se respetó el plazo de dos años establecido por la ley para la invalidación de oficio y, por otro lado, no se cumplió con el requisito de audiencia previa requerida por dicha norma. ​ Seguidamente, la Corte señaló que la rectificatoria de la declaración presentada tenía fecha 25 de junio de 2018, quedando allí determinados sus efectos, y que la resolución reclamada, cuya nulidad se pretendía, era de fecha 28 de agosto de 2020, transcurriendo entre uno y otro Acto Administrativo más de dos años. ​ ​ Sobre la audiencia previa contemplada en el citado artículo 53, los Sentenciadores sostuvieron, que tal como había señalado la Corte de Apelaciones de Santiago, la Citación efectuada al contribuyente no podía considerarse como una audiencia previa, desde que dicho acto era autónomo y tenía por objeto determinar la existencia de impuestos. ​ ​ La Magistratura concluyó que, no habiéndose dado cumplimiento al procedimiento legal para su dictación, se concluía que la resolución reclamada adolecía de nulidad, lo que conducía a acoger el reclamo, siendo innecesario pronunciarse respecto de las demás alegaciones.